Seit Gründung des Herzogtums Bayern war der Ort bis 1780 bayrisch und kam nach dem Frieden von Teschen mit dem Innviertel (damals „Innbaiern“) zu Österreich.
Während der napoleonischen Kriege wieder kurz bayrisch, gehört St. Pantaleon seit 1814 endgültig zu Oberösterreich.
Nach der Gründung des Herzogtums Bayern wurde Sankt Pantaleon an Bayern angeschlossen. Seit dem Frieden von Teschen im Jahr 1780 gehörte die Gemeinde zu Österreich. Durch die Napoleonischen Kriege wurde Sankt Pantaleon mehrfach, unter anderen von Bayern, besetzt, 1814 wurde die Gemeinde endgültig an Oberösterreich angeschlossen. Im 2. Weltkrieg gehörte Sankt Pantaleon nach dem Anschluss an Deutschland zum „Gau Oberndonau“. Auf dem damaligen Gemeindegebiet, das heute zu Haigermoos gehört, befand sich zwischen 1940 und 1941 das „Arbeitserziehungs- und Zigeuneranhalterlager St. Pantaleon-Weyr“. 1945 wurde Oberösterreich wiederhergestellt.
In der südlichen Eingangshalle der Pfarrkirche St. Pantaleon hängt ein Bild, das aus dem Jahre 1773 stammt und die Legende von der Entstehung des Gotteshauses darstellt. Die Kirche sollte auf der sogenannten Heiligenstatt erbaut werden, das Baumaterial war jedoch mehrmals in der Nacht vom geplanten Bauplatz an den Ort gebracht worden, auf dem heute die Kirche steht. Obwohl tagsüber die Balken und Steine immer wieder auf die Heiligenstatt transportiert wurden, fanden sie sich mehrmals am nächsten Morgen auf dem jetzigen Platz der Kirche. Man erzählte sich, Engel hätten das Baumaterial immer wieder nach Weng geschafft, da es der Wille Gottes gewesen wäre, im heutigen St. Pantaleon die Kirche zu errichten.
Das Alter der Kirche ist unbekannt, die Bauzeit soll jedoch nicht weiter als über das Jahr 1400 zurückreichen. Sie ist im Kern in gotischem Stil erbaut, hatte zuerst eine flache Holzdecke, die man 1641 wölbte, und an den beiden Längsseiten wurden 1640 der nordseitige und 1644/46 der südseitige Anbau vollendet. Der Turm im Westen der Kirche ist gotischen Ursprungs und wurde1674 erhöht und barockisiert. Im ersten Weltkrieg hatten die ehemaligen Bronzeglocken einrücken müssen. Der damalige Pfarrer bestellte in weiser Voraussicht Stahlglocken, die seit 1922, den Zweiten Weltkrieg überlebend, Freud und Leid verkünden. In den letzten Jahren des Dreißigjährigen Krieges wurde die Sakristei um 10 Schuh erweitert. 1665 schuf Michael Mayr, Schreiner in Mattighofen, für 239 fl den neuen Hochaltar, den Wolf Gunzinger und Tobias Schinagl bemalten. Die beiden Seitenaltäre wurden von Sebastian Dusler geschaffen, der linke stellt die Heiligen Sebastian und Rochus dar, der rechte Johann und Paul. Am 8. Februar 1786 schied St. Pantaleon von St. Georgen im Gau Salzburg aus und wurde eigene Pfarre.
St. Pantaleon ist seit 1607 Wallfahrtsort. Das Gotteshaus nennt in seinen Chroniken bedeutende Künstler wie Michael Vierthaler zu seinen Mitschöpfern. Sakristei und Kanzel sind besonders kunstvoll mit Holzschnitzereien ausgeführt und stammen von Michael Littmann. Die Fresken der vier Evangelisten sind mit dem Namen des bekannten Heimatmalers Franz Kohlbacher bezeichnet, die der Künstler 1893 geschaffen hat. Besonders schön sind die Monstranz, eine Reliquienbüste des heiligen Pantaleon, eine fast lebensgroße Darstellung Christi an der Geißelsäule und zahlreiche geschnitzte Heiligenstatuen von hohem Alter und guter Qualität. Von dem großen Wohlstande der Kirche zeugen auch die eisernen Türen, deren Schloßbeschläge mit überreich ineinander verschlungenen barocken Ranken verziert sind. Außer schönen Utensilien für den Gottesdienst fallen die Altäre der Emporkirchen ins Auge und die aus dem Jahre 1673 stammende, achteckige Kanzel.
Den Hochaltar schmücken zahlreiche Engel, das Bild wird jedoch dominiert von einer großen Figur des Schutzherrn, die in strenger Haltung unter einem Baldachin steht.
Der Heilige Pantaleon, Schutzpatron der Pfarre St. Pantaleon, zählt zu den 14 Nothelfern, ist Patron der Ärzte und Hebammen, und wird bei gesundheitlichen Schäden der Seele und des Leibes angerufen. Er lebte im 3. Jahrhundert nach Christus, wurde von einem Priester namens Hermolaus bekehrt und in der Arzneikunst unterwiesen. Da er durch wunderbare Heilungen berühmt geworden war, wurde er an den Hof Kaiser Maximians berufen, dessen Leibarzt er wurde. Von neidischen Kollegen jedoch verleumdet, fiel er im Jahre 303 der letzten und größten aller Christenverfolgungen unter Kaiser Diokletian zum Opfer. Sein christlicher Glaube aber konnte selbst durch Geißelung, Gebranntwerden, Hunger und andere Martern nicht erschüttern werden. Pantaleon wurde an einen Ölbaum gebunden und ein Schwertschlag, der ihn enthaupten sollte, spaltete sein Haupt. Die Lebensgeschichte des Heiligen ist in den beiden Emporkirchen auf je drei großen Gemälden bildnerisch dargestellt.
Das Schloss Wildshut ist eine ehemalige Burg und wurde auf einem Felsen am Rande der Uferterasse bei Salzach errichtet. Das Schloss ist umgeben von einem tiefen Graben und ist in perfektem Zustand. Von außen sieht das Schloss wie eine wehrhafte Burg aus, aber das ändert sich schlagartig, wenn man durch das Tor in den Hof geht.
Das Bauern- und Heimatmuseum beherbergt voll funktionsfähige Geräte, Werkzeuge und Einrichtungen aus alten Zeiten. In dem Museum wird das frühere Landleben gezeigt. Zu den Ausstellungsstücken gehören unter anderen ältere Acker- und Erntegeräte, ein Webstuhl, eine Kutsche, eine Dreschmaschine und vieles mehr.